大津市役所に設置されている来庁舎喫煙所については、職員の利用が禁止されています。しかしながら、形骸化しているのが実態であり、勤務時間中であっても、頻繁に出入りが見られます。

いかなる理由をもってしても、勤務時間中の喫煙は正当化すべきでありません。
喫煙本数にもよりますが、自席⇒移動⇒喫煙⇒移動⇒自席を繰り返した場合、その職員は相当な時間を喫煙に費やすことになります。
もし、直属の上司が喫煙で頻繁に自席を離れていれば、「なんでやねん！！」と思いますし、それこそ煙たがれるかもしれませんが、自分にも部下がいて、仕事に影響を及ぼしているのであれば、一言、物申すと思います。
きっと、人間関係は悪化するでしょうが…。
そもそも、たばこは嗜好品であり、休憩時間に吸うべきものと考えます。